上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
演员：杰森·斯坦森 杰森·王 李·查尔斯 罗兰·默勒 艾德里安·莱斯特 汤姆·克里斯蒂安 阿纳斯·费达拉维修斯 本·卡特赖特 钱尼尔·库勒 安娜贝尔·沃利斯 史蒂文·布拉德斯 露米·萨顿
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演员：阿方索·埃雷拉 诺伊·埃尔南德斯 赫克托·科特思法基斯 Juan Pablo Cruz García 保拉·费尔南德斯 Antonio Fortier Allan Durell 费尔南多·考特尔 Gerardo Trejoluna Isaac Bravo Alejandra Vázquez De León Regis Arroyo Santiago Colores Daniela Torres 贝伦妮丝·玛斯特雷塔
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