上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
演员：根岸拓哉 宫武美樱 大野瑞生 云母 草川拓弥 宇野祥平 石丸博也 桥本达也 杉田智和 平野勋人 川原庆久 木野花 津川雅彦 虎牙光挥 野村宏伸 川上麻衣子 阿部翔平
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演员：托比·马奎尔 克斯汀·邓斯特 詹姆斯·弗兰科 阿尔弗雷德·莫里纳 罗斯玛丽·哈里斯 J·K·西蒙斯 唐纳·墨菲 丹尼尔·吉里斯 迪伦·贝克 比尔·努恩 范妮莎·费丽托 阿西夫·曼德维 威廉·达福 克里夫·罗伯逊 泰德·雷米 布鲁斯·坎贝尔
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