继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：杰森·苏戴奇斯 汉娜·沃丁厄姆 朱诺·坦普尔 布雷特·戈德斯坦 杰里米·斯威夫特 布兰登·亨特 塔尼娅·雷诺兹 裘德·马克 费伊·马赛 雷克斯·海耶斯 艾斯林·沙基 艾比·赫恩 格兰特·菲利 索菲·西蒙特 克莱尔·阿什顿 米歇尔·戴维森 尼尔·多德森-哈托
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演员：卡黎莎·素帕琳格特 塔那帕特·卡维拉 朋拉维·凯普拉帕功 娜琳迪帕·莎功昂格派 拉提帕·隆沃那潘 查卡蒙·瑟颂维塔亚 Freya·Sirinchaya 哈莉特·阿芮娅·玛格拉
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