柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
演员：本多知惠子 坂本千夏 折笠爱 兴梠里美 小野健一 玉川纱己子 京田尚子 西村知道 佐藤智惠 三石琴乃 矢岛晶子 盐屋浩三 长岛雄一 辻谷耕史 池本小百合 铃置洋孝
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演员：池田秀一 柿原彻也 东地宏树 藤村步 甲斐田裕子 浪川大辅 内山昂辉 井上刚 北村谦次 内田直哉 小松史法 胜杏里 松本忍 渡边美佐 成田剑 永井一郎
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