在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
演员：本多知惠子 坂本千夏 折笠爱 兴梠里美 小野健一 玉川纱己子 京田尚子 西村知道 佐藤智惠 三石琴乃 矢岛晶子 盐屋浩三 长岛雄一 辻谷耕史 池本小百合 铃置洋孝
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演员：麦人 中村悠一 丰崎爱生 市之濑加那 川澄绫子 广濑裕也 田中理惠 沼仓爱美 日笠阳子 古川慎 柳田淳一 山本兼平 相马康一 前野智昭 河西健吾 佐藤元 小林裕介 上田丽奈 Lynn 村濑步 山本格 内匠靖明 高桥花林 高野麻里佳 前田弘喜
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