继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：洪乙心 方展发 林明伦 李南星 王禄江 向云 陈莉萍 刘子绚 姚懿珊 郑惠玉 林咏谊 陈泂江 田铭耀 包勋评 沈琳宸 徐绮 张哲通 洪丽婷 符芳榕 张值豪 周智慧 卓芳娴 王勇畯 谢俊峰 朱泽亮 仲伟杰 杨言 林品隽
热度：773°C
演员：简·科拉克斯基 鲁保罗 马里奥·坎通 埃迪·辛 阿德里安娜·巴比欧 玛丽·凯·普莱斯 布里奇特·埃弗里特 Matthew Wilkas 迈克尔·西里尔·克赖顿 肖瓦娜·卡特 琳恩·玛丽·斯图尔特 蒂亚·卡雷尔 乔尔·默里 劳拉·贝尔·邦迪 约翰·鲁宾斯坦 娜塔莎·赖格罗 帕特里克·布利斯托夫 麦克-李昂·伍德利 亚当·巴特利 Todd·Sherry 蒂姆·巴格莱 乔什·塞加拉 托勒密·斯洛克姆 马克·辛格 凯文·丹尼尔斯 汤米·斯尼德尔 布雷特·塔克 罗伯·德林格尔 伊兹·G 卡特琳娜·坦纳鲍姆 Stac
热度：866°C